黑客帝国动画版是由钟彼得  安德鲁·R·琼斯  川尻善昭  小池健  前田真宏  森本晃司  渡边信一郎  执导，大塚明夫  克莱顿·华生  帕梅拉·阿德龙  海蒂·布雷斯  特伦斯·卡森  美琳达·克拉克  奥利薇亚·阿波  戴恩·A·戴维斯  威廉·R·迪恩  等人主演的，于2003年上映，该动漫讲述的是：《黑客帝国动画版》由9段以《黑客帝国》系列电影世界观为基础生发出的短片组成，各篇的角度与风格各异，制作班底汇聚了日本、美国、韩国三地的动画精英。《机器复兴》讲述了MATRIX的历史。机器人不堪人类恶劣对待，终于反抗并将人类化为能源。《少年故事》讲述一名少年突然收到来自网络的召唤，而大批黑衣人开始对他展开围捕。《虚拟程序》展示了一对男女在虚拟训练程序中的片断。《世界纪录》描写一位短跑运动员在接近突破人类极限时终被系统牢牢控制。《超越极限》叙述因为系统错误，平静的街区中出现了一片超常区域。《侦探故事》描写一位侦探被步步引领着试图摆脱系统的桎梏。《矩阵化》讲述一只机器人被人类捕获并驯化的故事。《终极战役》记录了一艘飞船毁灭的经过。